L’économie des TAAF est entièrement tournée vers la mission de l’État : présence souveraine, recherche scientifique et préservation de l’environnement. La principale activité commerciale autorisée est la pêche à la légine australe (Dissostichus eleginoides), poisson des grands fonds (jusqu’à 3 500 m), très prisé sur les marchés asiatiques et américains. Des licences de pêche sont accordées à des armateurs français et étrangers sous contrôle strict, avec des quotas fixés pour assurer la durabilité des stocks. Ces droits de pêche constituent une source de revenus directe pour les TAAF.

Les TAAF génèrent également un capital de connaissances scientifiques d’une valeur inestimable pour la communauté mondiale : données climatiques, études de biodiversité, recherches en géophysique, astrophysique et médecine. Enfin, la philatélie des TAAF jouit d’une renommée mondiale parmi les collectionneurs — une source de revenus modeste mais symboliquement forte, et un vecteur de rayonnement pour ce territoire méconnu. L’ensemble du fonctionnement des TAAF est financé par le budget de l’État, via la mission « Outre-mer ».

Les Kerguelen et Crozet hébergent une faune marine exceptionnelle : plusieurs centaines de milliers de manchots royaux (les Crozet abritent la plus grande colonie du monde), des albatros hurleurs (3,5 m d’envergure — le plus grand oiseau volant au monde), des éléphants de mer du Sud (jusqu’à 4 tonnes pour les mâles) et l’otarie à fourrure d’Amsterdam, espèce endémique autrefois proche de l’extinction. La Terre Adélie abrite les manchots Adélie, emblèmes de l’Antarctique. De nombreuses espèces de baleines (baleines bleues, rorquals communs, baleines à bosse) fréquentent les eaux australes.

Kerguelen, Crozet, Saint-Paul et Amsterdam bénéficient du statut de Réserve naturelle nationale depuis 2006 — la plus haute protection juridique disponible en France. La végétation subantarctique est caractéristique : chou de Kerguelen (Pringlea antiscorbutica, endémique), acaena, azorelle, mousses et lichens.

Les espèces invasives (rats, chats, lapins introduits sur certaines îles) constituent la principale menace pour les colonies d’oiseaux marins. Des programmes d’éradication sont menés avec succès. Le changement climatique provoque la fonte des glaciers de Kerguelen, l’acidification des océans et la modification des courants marins. La pêche illégale dans les ZEE, malgré la surveillance militaire, et les macro-déchets plastiques charriés par les courants océaniques complètent ce tableau de menaces auxquelles les scientifiques des TAAF contribuent directement à répondre.

Avec 2,4 millions de km² de ZEE, les TAAF représentent le deuxième plus grand espace maritime français après la Polynésie française — une ressource stratégique majeure pour la pêche, les ressources minérales sous-marines et les énergies marines. Sa surveillance par la Marine nationale reste complexe compte tenu des distances et de la vastitude de cet espace.

Les îles Éparses font l’objet de revendications de souveraineté persistantes de la part de Madagascar (Bassas da India, Europa, Glorieuses, Juan de Nova), des Comores (Glorieuses) et de Maurice (Tromelin). La France maintient une présence militaire permanente pour affirmer sa souveraineté. La richesse en hydrocarbures potentiels de Juan de Nova donne à ce différend une dimension économique supplémentaire.

Membre fondateur du Traité sur l’Antarctique (1959) et de son Protocole de Madrid (1991) sur la protection de l’environnement, la France défend un Antarctique préservé de toute exploitation commerciale et militarisation. La question de la révision de ce traité — possible à partir de 2048 — constitue un enjeu diplomatique majeur pour les décennies à venir. Les TAAF sont par ailleurs en première ligne des effets du changement climatique, et les données collectées par leurs bases contribuent directement aux modèles climatiques mondiaux et aux rapports du GIEC.

La France a une longue histoire dans les terres australes. Dès le XVIIIe siècle, des navigateurs français exploraient ces eaux lointaines : Bouvet (1738), Kerguélen-Trémarec et Marion Dufresne (1772), d’Entrecasteaux. La revendication de souveraineté française sur ces territoires s’est progressivement affirmée au fil des siècles, jusqu’à la création officielle des TAAF en 1955.

En 1840, le navigateur Jules Sébastien César Dumont d’Urville découvrit la côte antarctique qu’il nomma Terre Adélie en l’honneur de son épouse Adèle. La base française permanente en Antarctique porte son nom. Les expéditions de Jean-Baptiste Charcot (1903-1905 et 1908-1910) contribuèrent à l’exploration scientifique de l’Antarctique et firent de la France une nation pionnière de la recherche polaire.

Paul-Émile Victor, explorateur et ethnologue français, fut le grand artisan de la recherche polaire française au XXe siècle. Défenseur de l’environnement avant l’heure, il contribua à inscrire la France dans la diplomatie antarctique internationale. L’Institut Polaire qui porte son nom — l’IPEV — perpétue aujourd’hui son œuvre en coordonnant l’ensemble des missions scientifiques françaises dans les zones polaires.